上海金鵬儀器蛋白純化系統(tǒng)主要利用以下幾種原理進行蛋白質(zhì)的分離純化：
分子篩層析：也叫凝膠過濾層析，利用凝膠的分子篩性質(zhì)，基于蛋白質(zhì)分子的大小不同進行分離。凝膠顆粒內(nèi)部有許多大小不一的孔隙，當(dāng)?shù)鞍踪|(zhì)混合物流經(jīng)凝膠柱時，大的蛋白質(zhì)分子無法進入孔隙，只能在凝膠顆粒之間的空隙中流動，路徑短，先流出層析柱；而小的蛋白質(zhì)分子可以進入孔隙，在柱內(nèi)停留時間長，后流出層析柱，從而實現(xiàn)不同大小蛋白質(zhì)的分離。
親和層析：利用生物分子間的特異性親和能力進行分離。將與目標蛋白具有特異性結(jié)合能力的配基固定在層析柱的基質(zhì)上，當(dāng)含有目標蛋白的樣品通過層析柱時，目標蛋白會與配基特異性結(jié)合而被吸附固定在柱中，其他雜質(zhì)則直接流出。然后通過改變緩沖液的離子強度、pH 值或使用更強的配體結(jié)合溶液，使目標蛋白與配基的結(jié)合被破壞，從而將結(jié)合的蛋白質(zhì)洗脫下來，獲得純化的目標蛋白。
離子交換層析：根據(jù)蛋白質(zhì)表面電荷不同進行分離純化。蛋白質(zhì)是兩性電解質(zhì)，在不同的 pH 值環(huán)境中會帶有不同的電荷。離子交換層析的固定相是由惰性瓊脂糖或者高分子基質(zhì)與帶電基團共價結(jié)合組成，分為陰離子交換層析（固定相帶正電荷，結(jié)合帶負電的蛋白質(zhì)）和陽離子交換層析（固定相帶負電，結(jié)合帶正電的蛋白質(zhì)）。當(dāng)?shù)鞍踪|(zhì)樣品流經(jīng)離子交換柱時，帶相反電荷的蛋白質(zhì)會與固定相結(jié)合，而其他電荷性質(zhì)不同的蛋白質(zhì)則不結(jié)合或結(jié)合較弱，先流出層析柱。通過改變緩沖液的離子強度或 pH 值，可使結(jié)合在柱上的蛋白質(zhì)被洗脫下來，從而達到分離純化的目的。